Вона розміщується в колишній будівлі Будинку Купецького зібрання, який був споруджений у 1882 році за проєктом відомого київського архітектора В. Ніколаєва. Це місце було популярним серед киян, оскільки в ньому проходили бали-маскаради, благодійні лотереї, літературні та музичні вечори. Важливу роль у філармонічній діяльності Києва відіграв український композитор М. Лисенко, який був одним з організаторів гуртка «Філармонічне товариство».
На його честь у 1962 році назвали Колонну залу філармонії, яка має багату історію. У ній давали концерти видатні піаністи та оперні співаки з багатьох країн. У 1994 році філармонії було надано статус національної. Разом з активною концертною діяльністю в стінах закладу постійно проходять міжнародні конкурси та фестивалі, різноманітні культурно-мистецькі і громадські заходи.